食品安全问题主要集中在以下几个方面:微生物性危害、化学性危害、生物毒素、食品掺假以及基因工程食品的安全性问题，这也是国际社会普遍关注的。这些食品安全问题通常表现为食源性疾患。食源性疾患是通过摄食而进入人体的有毒有害物质(包括生物性病原体)所造成的食物中毒、肠道传染病、人畜共患传染病、寄生虫病等疾病。
在强调从农田到餐桌的安全评估控制管理体系下，过程分析可以较全面反映食品安全所涉及的危害。现代社会的快速发展在给人们带来丰富、高产的农产品同时，农产品种植养殖生长过程中使用农药、化肥、兽药等也给食用这些农产品的人类健康造成危害。农作物采收、存储或运输不当，发生霉变或微生物污染；食品加工、存储或运输不当，造成食品添加剂、重金属、微生物等污染，和/或发生食品腐败变质，都是食品安全的危害点。
全世界每年都有大量的农药施用于农作物。中国也是世界上农药生产和消费量较高的国家，由于多施和不按规定要求滥用农药，我国每年因农药而引起的食物中毒事件屡屡发生，特别是蔬菜中有机磷农药中毒。蔬菜中有机磷农药被人体吸收后，通过血液运到全身各个脏器，有机磷农药中毒后主要表现为出汗、肌肉颤动、心跳加快、瞳孔缩小等，严重的可导致中枢神经系统功能失常。我国有机磷农药残留超出国家标准的现象较为突出。目前，国内蔬菜中农药残留快速检测方法得到了广泛重视和应用，几种常用农药残留快速检测方法也已制定为国家标准推荐方法。
我国每年大量、超量或不合理地使用化肥于农作物上，使化肥在土壤中的残留越来越严重，肥料施用不当、滥用化肥生产的蔬菜对人类健康的威胁并不亚于在蔬菜上残留的农药。硝酸盐本身并没有毒，但在人的口腔和胃肠中会在细菌的作用下还原为亚硝酸盐。当食品中亚硝酸盐大量聚集则可能引起中毒，长期摄入，可诱发消化道系统癌变，如胃癌、肠癌。流行病学试验已经证明，硝酸盐和亚硝酸盐与食品中固有的胺类化合物是致癌物亚硝胺的前体物质，亚硝胺的诱癌时间随人体摄入量增多而缩短。由于偏施氮肥，我国蔬菜硝酸盐污染问题已相当严重，特别是叶菜类蔬菜，人体摄入的硝酸盐85%~90%来自蔬菜。1973 年FAO/WHO就制定了硝酸盐和亚硝酸盐的每日允许摄入量( Acceptable Daily Intake ，ADI)，分别为3. 6mg/kg体重和0.13mg/kg体重；1995 年FAO/WHO食品添加剂联合专家委员会(JECFA) 重新制定了硝酸盐和亚硝酸盐的ADI值，分别为0~3. 7NOmg/kg体重和0~0.06 mg/kg体重(JECFA， 1995)。 而1995年欧洲(EC)食品科学委员会(SCF)制定了硝酸根离子ADI值为3.65 (相当60kg体重的人219mg/d)。 按照FAO/WHO的ADI标准计算，中国大部分地区蔬菜中硝酸盐污染已相当严重。国家正在制定蔬菜中硝酸盐限量标准，以保障消费者的食用安全，同时也可以间接起到种植过程合理施用化肥的推动作用。
为了预防和治疗家畜和养殖鱼患病而大量投入抗生素、磺胺类等化学药物，往往造成药物残留于食品动物组织中，国内外发生的因兽药残留不安全引起的消费者中毒事件，增加了消费者对所食用畜产品的担忧和关注。兽药残留既包括原药，也包括药物在动物体内的代谢产物。在食品中由于药物本身的副反应或耐药性细菌种群的增长，将增加潜在健康安全问题。目前氯霉素等抗生素兽药残留是欧盟各国对我国检验检疫的重点。近年，在我国由于盐酸克伦特罗(“瘦肉精”)兴奋剂可以使畜禽产生足够的瘦肉而被用在动物体内，从而使很多摄入残留“瘦肉精”的消费者引起中毒反应，产生心跳过快，心慌，不由自主颤抖、双脚站不住，心悖胸闷，四肢肌肉颤动，头晕乏力等神经中枢中毒后失控的现象，严重者甚至死亡。盐酸克伦特罗中毒潜伏期一般为20min到4h，慢性特点会导致儿童性早熟。FDA,WHO制定畜产品中盐酸克伦特罗的最高残留限量是肉、肝脏、肾、脂肪和奶分别为0.2μg，0.6μg，0. 6μg， 0. 2μg，O.05μg。
金属污染对食品安全性的影响非常重要，它属于化学物质污染的重要内容之一，人们较早就对金属的食品安全性问题加以了重视。据分析，重金属污染以镉最为严重，以粮食作物多见，其次是汞、铅等，非金属砷的污染也不可忽视。多数金属在体内有蓄积性，半衰期较长，能产生急性和慢性毒性反应，可能还会有致畸、致癌和致突变的潜在危害。目前，我国儿童金属铅污染较为严重。
毒素是目前极为重视的安全问题。毒素主要表现在自然毒素，如贝类毒素和真菌毒素。贝类毒素不易被加热所破坏，所以其危害性是相当大的。主要的贝类毒素包括麻痹性贝类毒素(paralytic shellfish poison, PSP)、腹泻性贝类毒素(diarrhetic shellfish poison, DSP)。PSP毒素存在于世界范围之内，现已在鲐鱼内脏中，龙虾及许多蟹类中也发现了PSP毒素。PSP毒素会引起神经系统的疾病，包括颤抖、兴奋及唇舌的灼痛和麻木感，严重时会导致呼吸系统麻木以致死亡。DSP毒素目前在加拿大东岸、亚洲、智利、新西兰、欧洲等地区发现，可引起轻微的胃肠疾病，但它不是一种可致命的毒素。我国浙江、福建、广东等地曾多次发生贝类中毒，中毒症状主要表现为突然发病、唇舌麻木、肢端麻痹、头晕恶心、胸闷乏力等，部分病人伴有低烧，重症者则昏迷，呼吸困难，最后因呼吸衰竭窒息而死亡。导致中毒的是蚶子、花蛤、香螺、织纹螺等常食用的贝类。真菌存在于大多数的农产品中，真菌毒素直接或间接进入食物链导致动植物食品受到毒素污染。在众多的真菌毒素中，黄曲霉毒素是众所周知的最危险的毒素之一，是一种强致癌物。黄曲霉毒素常发生在花生、坚果等粮油类食品及其制品中，近年来我国频繁出现“毒大米”事件，即为黄曲霉毒素污染事件。所以，日前我国加大了对粮油食品的监督抽查力度，同时食品中玉米、花生及其制品中黄曲霉毒素含量成为欧盟各国对我国检验检疫的重点之一。为适应国内和国际形势要求，选择适当可行的方法检验黄曲霉毒素是当务之急。
生物技术产品的出现同样带来了安全性问题。如今，转基因食品早已摆上了人们的餐桌，比如人们大量食用的番茄，甜椒，大豆粉、大豆油等大豆制品。尽管目前还没有足够的证据证明转基因食品对人体有害，但有关转基因食品安全性引起人们的密切关注。目前人们所担忧的是转基因食品对人体健康的风险，转基因产品是否对人类无毒、无副作用，转基因产品与非转基因产品是否“实质等同”、无显著差异。由于生物技术产业高技术工程产品的安全性问题还不确定，较为一致的观点是生物技术产品对人类的健康和生态环境具有潜在风险。各国政府对转基因产品的态度和政策不同，美国、加拿大等国大量生产转基因产品，因而竭力支持其发展；欧盟各成员国、日本、澳大利亚、新西兰等国家以立法或其他形式要求出口国对转基因产品加贴标签，以保护消费者对产品是否含转基因成分的知情权，或以其他方式限制转基因产品的进口；欧盟管理基因改造产品销售与生产的法案，已于2001年由欧洲议会通过，该法案严格规定转基因食物、饲料、种子与药物的标识与监控。2002年5月9 日我国政府发布了《农业转基因生物安全管理条例》，2002年1月5日我国农业部发布了《农业转基因生物标识管理办法》、《农业转基因生物安全评价管理办法》和《农业转基因生:物进口安全管理办法》三个管理办法，2002年4月8日卫生部发布了《转基因食品卫生管理办法》。
另外，无知或违法掺假如甲醛、雕白块、增白剂以及过量添加防腐剂、着色剂等，也是食品安全重要的问题。美国FDA于2002年2月11日生效了一项法规(section 417)，进口到美国的食品必须注册，以防止出口国产品的不纯、掺假。随着新型的食品加工工艺、加工器具、包装材料等的应用，也给食品安全提出了新的问题，新食品的生产、流通、准备和摄入方式的改变使确保其安全面临新的挑战。
针对食品安全性存在的这些问题，对影响食品安全质量的有害物质进行快速测定日益重要起来。加强对现代食品安全的检验检疫、监督检测、质量控制，通过检验食品中有害物质含量，以保证食品安全、无毒。目前理想的准确、可靠、方便、快速、经济、安全检验方法是保障消费者身体健康的必不可少的重要措施。
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